Sur mon serveur de mail, j'ai installé fetchmail pour récupérer les mails de toutes mes boites.
Le problème est que tout se trouve mélangé au même endroit donc :s .
LA solution : procmail !
Il suffit d'avoir un fichier .procmailrc dans son répertoire perso avec un contenu comme : 

#toto@gmail.com
:0
* ^To: .*toto@gmail.com.*
toto@gmail.com


Dans ce cas, tous les mails destinés à toto@gmail.com sont mis dans la boite (ou dossier) toto@gmail.com, pratique pour classer ses mails ;)
Et en plus, on peut utiliser autre chose que To pour filtrer, comme Cc, Subject...